Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Εκπαίδευση και Ανθρώπινα Δικαιώματα» λειτουργεί με νέο θεσμικό πλαίσιο από το ακαδημαϊκό έτος 2018-19 (ΦΕΚ 2501/29-06-2018 τ.Β’). Εφεξής το πρόγραμμα οργανώνεται και παρέχεται αποκλειστικά από το ΤΕΑΠΗ του Εθνικού και Καποδιστριακού Παν/μίου Αθηνών (ΕΚΠΑ). Έχει ήδη εικοσιπενταετή λειτουργία και πρόκειται για ένα από τα πρώτα διακρατικά μεταπτυχιακά προγράμματα.
Το Πρόγραμμα αποτελεί συνέχεια του διακρατικού Κοινού Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών που ιδρύθηκε το 1994 και λειτουργεί από το ακαδημαϊκό έτος 1995-96. Το Πρόγραμμα αυτό με τίτλο «Συγκριτική Εκπαίδευση και Ανθρώπινα Δικαιώματα» ιδρύθηκε με πρωτοβουλία του Τμήματος Εκπαίδευσης και Αγωγής στην Προσχολική Ηλικία του Πανεπιστημίου Αθηνών σε συνεργασία με το Institute of Education του Πανεπιστημίου του Λονδίνου. Την πρωτοβουλία για την ίδρυσή του είχε η καθηγήτρια Μαρία Ηλιού εκ μέρους του Πανεπιστημίου Αθηνών, ενώ την κύρια ευθύνη εκ μέρους του Institute of Education είχε η Eva Gamarnikow. Η Μαρία Ηλιού υπήρξε η πρώτη διευθύντρια του συγκεκριμένου Προγράμματος μέχρι και τη συνταξιοδότησή της το 2001. Ήδη από την αρχή της ίδρυσής του το Πρόγραμμα περιελάμβανε φοίτηση και στα δύο συνεργαζόμενα Ιδρύματα, δηλαδή στο ΕΚΠΑ και το ΙοΕ.
Από το 2001 το Πρόγραμμα αναμορφώθηκε και η διακρατική συνεργασία διευρύνθηκε υπό την ευθύνη της καθηγήτριας Γίτσας Κοντογιαννοπούλου – Πολυδωρίδη. Από το 2003 το Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης άρχισε να προσυπογράφεται από το ΙΟΕ, ενώ από το 2006 άρχισε να χορηγείται Ενιαίος τίτλος σπουδών από τα δύο Εκπαιδευτικά Ιδρύματα (ΕΚΠΑ και ΙΟΕ). Το Πρόγραμμα αυτό υπήρξε το πρώτο ΠΜΣ του ΕΚΠΑ που περιλάμβανε διεθνή συνεργασία και οδήγησε σε κοινό μεταπτυχιακό τίτλο σπουδών.
Η συνεργασία συνεχίστηκε και μετά τη συγχώνευση του Institute of Education με το University College London το 2014 και ολοκληρώθηκε το ακαδημαϊκό έτος 2018-19.